MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239 chromosome 1

Total Repeats: 68328

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012029	GA	3	6	790	795	50 %	0 %	50 %	0 %	222478440
2	NC_012029	AC	3	6	796	801	50 %	0 %	0 %	50 %	222478440
3	NC_012029	ACA	2	6	823	828	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	222478440
4	NC_012029	CGA	2	6	884	889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478440
5	NC_012029	CGA	2	6	905	910	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478440
6	NC_012029	CGA	2	6	928	933	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478440
7	NC_012029	GCG	2	6	1003	1008	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222478440
8	NC_012029	CTC	2	6	1019	1024	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222478440
9	NC_012029	GTC	2	6	1047	1052	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478440
10	NC_012029	CGA	5	15	1055	1069	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478440
11	NC_012029	CGA	2	6	1085	1090	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478440
12	NC_012029	TCC	2	6	1129	1134	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222478440
13	NC_012029	CCT	2	6	1138	1143	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222478440
14	NC_012029	CGA	2	6	1192	1197	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478440
15	NC_012029	ACG	2	6	1321	1326	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478440
16	NC_012029	GAA	2	6	1412	1417	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222478440
17	NC_012029	GCC	3	9	1467	1475	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222478440
18	NC_012029	GCC	2	6	1485	1490	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222478440
19	NC_012029	CGA	2	6	1517	1522	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478440
20	NC_012029	CG	3	6	1529	1534	0 %	0 %	50 %	50 %	222478440
21	NC_012029	CGA	2	6	1538	1543	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478440
22	NC_012029	GGA	2	6	1568	1573	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222478440
23	NC_012029	CTGG	2	8	1585	1592	0 %	25 %	50 %	25 %	222478440
24	NC_012029	ACCG	2	8	1596	1603	25 %	0 %	25 %	50 %	222478440
25	NC_012029	CTT	2	6	1616	1621	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	222478440
26	NC_012029	GTT	2	6	1650	1655	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	222478440
27	NC_012029	CGA	2	6	1664	1669	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478440
28	NC_012029	GAC	2	6	1698	1703	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478440
29	NC_012029	CT	3	6	1716	1721	0 %	50 %	0 %	50 %	222478440
30	NC_012029	ACG	2	6	1852	1857	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478440
31	NC_012029	TCC	2	6	1876	1881	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222478440
32	NC_012029	GAC	2	6	1923	1928	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478440
33	NC_012029	GCG	2	6	1944	1949	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222478440
34	NC_012029	CGC	2	6	1952	1957	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222478440
35	NC_012029	CG	3	6	1980	1985	0 %	0 %	50 %	50 %	222478440
36	NC_012029	TCG	2	6	2038	2043	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478440
37	NC_012029	CGT	2	6	2090	2095	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478440
38	NC_012029	GAA	2	6	2159	2164	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222478440
39	NC_012029	GAG	2	6	2220	2225	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222478440
40	NC_012029	TCA	2	6	2266	2271	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222478440
41	NC_012029	CGT	3	9	2303	2311	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478440
42	NC_012029	GAG	2	6	2364	2369	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222478440
43	NC_012029	TCT	2	6	2584	2589	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	222478441
44	NC_012029	TCCACT	2	12	2597	2608	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	222478441
45	NC_012029	CGTCGG	2	12	2617	2628	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222478441
46	NC_012029	ACG	2	6	2652	2657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478441
47	NC_012029	TCG	2	6	2659	2664	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478441
48	NC_012029	CG	3	6	2736	2741	0 %	0 %	50 %	50 %	222478441
49	NC_012029	CGGCG	2	10	2768	2777	0 %	0 %	60 %	40 %	222478441
50	NC_012029	GTT	2	6	2804	2809	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	222478441
51	NC_012029	TGA	2	6	2821	2826	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222478441
52	NC_012029	CGT	2	6	2830	2835	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478441
53	NC_012029	CGG	2	6	2869	2874	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222478441
54	NC_012029	TCG	2	6	2889	2894	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478441
55	NC_012029	TCC	2	6	2919	2924	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222478441
56	NC_012029	GATG	2	8	2941	2948	25 %	25 %	50 %	0 %	222478441
57	NC_012029	GTC	2	6	2958	2963	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478441
58	NC_012029	GGT	2	6	2970	2975	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	222478441
59	NC_012029	CAC	2	6	2984	2989	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	222478441
60	NC_012029	CGG	2	6	3161	3166	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222478441
61	NC_012029	CGC	2	6	3172	3177	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222478441
62	NC_012029	CT	3	6	3257	3262	0 %	50 %	0 %	50 %	222478441
63	NC_012029	GAA	2	6	3297	3302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222478441
64	NC_012029	TCGGT	2	10	3321	3330	0 %	40 %	40 %	20 %	222478441
65	NC_012029	CCCT	2	8	3346	3353	0 %	25 %	0 %	75 %	222478441
66	NC_012029	CGATC	2	10	3385	3394	20 %	20 %	20 %	40 %	222478441
67	NC_012029	CGC	2	6	3502	3507	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222478441
68	NC_012029	CGT	2	6	3514	3519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478441
69	NC_012029	CGC	2	6	3520	3525	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222478441
70	NC_012029	CGT	2	6	3535	3540	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478441
71	NC_012029	TCG	2	6	3582	3587	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478441
72	NC_012029	CCG	2	6	3588	3593	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222478441
73	NC_012029	GC	3	6	3816	3821	0 %	0 %	50 %	50 %	222478442
74	NC_012029	CCG	2	6	3828	3833	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222478442
75	NC_012029	GTC	2	6	3848	3853	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478442
76	NC_012029	GAC	2	6	3866	3871	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478442
77	NC_012029	CAC	2	6	3883	3888	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	222478442
78	NC_012029	ACGA	2	8	3908	3915	50 %	0 %	25 %	25 %	222478442
79	NC_012029	CAGT	2	8	3917	3924	25 %	25 %	25 %	25 %	222478442
80	NC_012029	C	6	6	3950	3955	0 %	0 %	0 %	100 %	222478442
81	NC_012029	CGGCT	2	10	3976	3985	0 %	20 %	40 %	40 %	222478442
82	NC_012029	CGGCT	2	10	3997	4006	0 %	20 %	40 %	40 %	222478442
83	NC_012029	TCT	2	6	4130	4135	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	222478442
84	NC_012029	CAG	2	6	4228	4233	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478442
85	NC_012029	CAC	2	6	4274	4279	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	222478442
86	NC_012029	TTCG	2	8	4355	4362	0 %	50 %	25 %	25 %	222478442
87	NC_012029	ACC	2	6	4416	4421	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	222478442
88	NC_012029	CGG	2	6	4450	4455	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222478442
89	NC_012029	CGC	2	6	4462	4467	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222478442
90	NC_012029	GAT	2	6	4468	4473	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222478442
91	NC_012029	CCA	2	6	4497	4502	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	222478442
92	NC_012029	TCG	2	6	4518	4523	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478442
93	NC_012029	AGA	2	6	4528	4533	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222478442
94	NC_012029	TCG	2	6	4587	4592	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478442
95	NC_012029	ATG	2	6	4601	4606	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222478442
96	NC_012029	CTCC	2	8	4666	4673	0 %	25 %	0 %	75 %	222478442
97	NC_012029	GGC	2	6	4708	4713	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222478442
98	NC_012029	CGA	2	6	4762	4767	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478442
99	NC_012029	CTG	2	6	4838	4843	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478442
100	NC_012029	GGCGTC	2	12	4865	4876	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222478442
101	NC_012029	TCG	2	6	4905	4910	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478442
102	NC_012029	AGG	2	6	4950	4955	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222478442
103	NC_012029	TGA	2	6	4977	4982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222478442
104	NC_012029	ACG	2	6	4995	5000	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478442
105	NC_012029	ACG	2	6	5034	5039	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478442
106	NC_012029	CAT	2	6	5050	5055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222478442
107	NC_012029	ACG	2	6	5064	5069	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478442
108	NC_012029	ACCGTC	2	12	5093	5104	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	222478442
109	NC_012029	CGA	2	6	5143	5148	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478442
110	NC_012029	GAG	2	6	5168	5173	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222478442
111	NC_012029	ACG	2	6	5184	5189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478442
112	NC_012029	AAG	2	6	5219	5224	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222478442
113	NC_012029	CGC	2	6	5235	5240	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222478442
114	NC_012029	CGG	2	6	5245	5250	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222478442
115	NC_012029	GGA	2	6	5269	5274	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222478442
116	NC_012029	TCG	2	6	5640	5645	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478443
117	NC_012029	CGA	2	6	5669	5674	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478443
118	NC_012029	TCG	2	6	5703	5708	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478443
119	NC_012029	CTC	2	6	5744	5749	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222478443
120	NC_012029	CGCC	2	8	5755	5762	0 %	0 %	25 %	75 %	222478443
121	NC_012029	TCG	2	6	5763	5768	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478443
122	NC_012029	CCGC	2	8	5782	5789	0 %	0 %	25 %	75 %	222478443
123	NC_012029	GC	4	8	5796	5803	0 %	0 %	50 %	50 %	222478443
124	NC_012029	CGCCGA	2	12	5809	5820	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	222478443
125	NC_012029	GTA	2	6	5834	5839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222478443
126	NC_012029	CAC	2	6	5846	5851	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	222478443
127	NC_012029	CGA	2	6	5854	5859	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478443
128	NC_012029	GCT	2	6	5875	5880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478443
129	NC_012029	AGCCG	2	10	5906	5915	20 %	0 %	40 %	40 %	222478443
130	NC_012029	CGT	2	6	5926	5931	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478443
131	NC_012029	CGT	3	9	6025	6033	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478443
132	NC_012029	CTC	2	6	6059	6064	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222478443
133	NC_012029	GAA	2	6	6101	6106	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222478443
134	NC_012029	GC	4	8	6173	6180	0 %	0 %	50 %	50 %	222478444
135	NC_012029	TCG	2	6	6185	6190	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478444
136	NC_012029	TTGC	2	8	6191	6198	0 %	50 %	25 %	25 %	222478444
137	NC_012029	GCCTC	2	10	6215	6224	0 %	20 %	20 %	60 %	222478444
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149	NC_012029	CTG	2	6	6809	6814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478445
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153	NC_012029	TCC	2	6	7005	7010	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222478445
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159	NC_012029	CGA	2	6	7530	7535	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478446
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162	NC_012029	CG	3	6	7635	7640	0 %	0 %	50 %	50 %	222478446
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250	NC_012029	GAG	2	6	10907	10912	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222478450
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253	NC_012029	CTCG	2	8	11089	11096	0 %	25 %	25 %	50 %	222478450
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256	NC_012029	GGC	2	6	11249	11254	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222478450
257	NC_012029	CCT	2	6	11277	11282	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222478450
258	NC_012029	GAC	2	6	11291	11296	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478450
259	NC_012029	GGC	2	6	11299	11304	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222478450
260	NC_012029	GGCC	2	8	11337	11344	0 %	0 %	50 %	50 %	222478450
261	NC_012029	GC	5	10	11353	11362	0 %	0 %	50 %	50 %	222478450
262	NC_012029	CGGA	2	8	11364	11371	25 %	0 %	50 %	25 %	222478450
263	NC_012029	CGAT	2	8	11403	11410	25 %	25 %	25 %	25 %	222478450
264	NC_012029	CGT	2	6	11583	11588	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478451
265	NC_012029	GTCG	2	8	11593	11600	0 %	25 %	50 %	25 %	222478451
266	NC_012029	CCG	2	6	11623	11628	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222478451
267	NC_012029	CG	3	6	11653	11658	0 %	0 %	50 %	50 %	222478451
268	NC_012029	CGT	2	6	11673	11678	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478451
269	NC_012029	TTC	2	6	11782	11787	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	222478451
270	NC_012029	GTC	2	6	11792	11797	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478451
271	NC_012029	GTCG	2	8	11817	11824	0 %	25 %	50 %	25 %	222478451
272	NC_012029	TCG	2	6	12002	12007	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478452
273	NC_012029	ACG	2	6	12025	12030	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478452
274	NC_012029	CGA	2	6	12054	12059	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478452
275	NC_012029	TCG	2	6	12062	12067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478452
276	NC_012029	GTC	2	6	12145	12150	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478452
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280	NC_012029	AC	3	6	12240	12245	50 %	0 %	0 %	50 %	222478452
281	NC_012029	GACC	2	8	12279	12286	25 %	0 %	25 %	50 %	222478452
282	NC_012029	AGC	2	6	12290	12295	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478452
283	NC_012029	TCG	2	6	12308	12313	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478452
284	NC_012029	CG	3	6	12388	12393	0 %	0 %	50 %	50 %	222478452
285	NC_012029	CGA	2	6	12396	12401	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478452
286	NC_012029	GTC	2	6	12402	12407	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478452
287	NC_012029	CGA	2	6	12435	12440	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478452
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290	NC_012029	GCG	2	6	12497	12502	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222478452
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292	NC_012029	GC	3	6	12524	12529	0 %	0 %	50 %	50 %	222478452
293	NC_012029	TCG	2	6	12530	12535	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478452
294	NC_012029	ACG	3	9	12557	12565	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478452
295	NC_012029	GC	3	6	12627	12632	0 %	0 %	50 %	50 %	222478452
296	NC_012029	CGA	2	6	12636	12641	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478452
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298	NC_012029	ACT	2	6	12875	12880	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222478453
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323	NC_012029	CG	3	6	13692	13697	0 %	0 %	50 %	50 %	222478454
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377	NC_012029	CTC	2	6	16677	16682	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	222478457
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380	NC_012029	CCG	2	6	16777	16782	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222478457
381	NC_012029	ACG	2	6	16808	16813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478457
382	NC_012029	GAC	2	6	16828	16833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478457
383	NC_012029	TCA	2	6	16871	16876	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222478457
384	NC_012029	CTGGGA	2	12	16884	16895	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222478457
385	NC_012029	ATC	2	6	16969	16974	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222478457
386	NC_012029	GAG	2	6	17035	17040	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222478457
387	NC_012029	GAT	2	6	17043	17048	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222478457
388	NC_012029	CGA	2	6	17064	17069	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478457
389	NC_012029	CGT	2	6	17103	17108	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478457
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402	NC_012029	GAC	2	6	17476	17481	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478457
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413	NC_012029	GAG	2	6	17995	18000	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222478457
414	NC_012029	GAG	3	9	18028	18036	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222478457
415	NC_012029	GAG	3	9	18046	18054	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222478457
416	NC_012029	GAC	2	6	18091	18096	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222478457
417	NC_012029	GAG	2	6	18198	18203	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222478458
418	NC_012029	C	7	7	18212	18218	0 %	0 %	0 %	100 %	222478458
419	NC_012029	GGCCC	2	10	18236	18245	0 %	0 %	40 %	60 %	222478458
420	NC_012029	CGCC	2	8	18284	18291	0 %	0 %	25 %	75 %	222478458
421	NC_012029	TCT	2	6	18296	18301	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	222478458
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462	NC_012029	CGGTGA	2	12	26401	26412	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	222478462
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469	NC_012029	CCTT	2	8	26634	26641	0 %	50 %	0 %	50 %	222478462
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497	NC_012029	TGAC	2	8	28131	28138	25 %	25 %	25 %	25 %	222478464
498	NC_012029	TCG	2	6	28185	28190	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222478464
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